La serie transcurre en la imaginaria ciudad submarina de Fondo de Bikini, donde las creaturas del mar viven muy parecido a los humanos, hasta toman agua o un baño y hay irónicamente una playa dentro del mar.

Ahí vive Bob Esponja Pantalones Cuadrados, que en lugar de ser como las verdaderas esponjas marinas, es una esponja rectangular y amarilla, parecida a las usadas para lavar platos. Como muchos sabrán de tanto escuchar su pegajosa canción, Bob Esponja vive en una piña (debajo del mar :p), junto con su mascota Gary, un caracol que actúa como lo que sería un gato en la realidad.

Algo muy diferente a otras caricaturas es que el protagonista no es un niño, preadolescente o adolescente, ni siquiera un universitario. Es un adulto jóven que busca trabajo para sostenerse. No es de alegrarse que el protagonista no sea un niño o adolescente inmaduro, ya que aunque Bob Esponja sea adulto no significa que sea maduro, ya que es tan ingenuo e idiota como un niño (idiota) de 7 años puede.

En el primer episodio Bob Esponja entra a trabajar al Krustáceo Krijiente/Cascarudo al mostrar su gran habilidad para cocinar las hamburguesas más deliciosas que el mundo ha probado. También desde el primer episodio mostró su habilidad para meter al todo el mundo en problemas sin quererlo.

Cuando no está poniéndole los nervios de punta a Calamardo Tentáculos, su vecino calamar (irónicamente), Bob se mete en un montón de caos y experiencias raras con sus dos mejores amigos: el amigable pero tonto Patricio Estrella, una estrella de mar rosada y obesa; y Arenita Mejillas, una ardilla inteligente, fuerte pero un poco presumida, que vive en el fondo marino en su casa, un domo de poliuretano bajo el mar. Arenita sale del domo con un traje parecido al de los astronautas, para tener aire bajo el agua.